Nel, caso che aprite una finestra del browser IE in maniera modale, tramite l'oggetto javascript windows, vi capiterà (se è la seconda modale) che se nella finestra modale avete dei link al click su essi, le pagine si apriranno in una nuova finestra del Browser IE.
Per evitare ciò, inserite nella pagina modale, in visualizzazione codice html, tra i tag <head> e <title> il tag <base target="_blank"> in questo modo si evita che al click sul link si apra una nuova finestra.